福建省農村信用社聯合社是省政府管理農村信用社系統的專門機構，于2005年7月29日正式開業，是由省內67家農信社、農商銀行以發起方式設立，注冊資金3000萬元，是具有獨立企業法人資格的省級地方性金融機構。省聯社作為承擔對各行社的管理、指導、協調和服務職能，依法自主經營、自負盈虧、自擔風險、自我約束。省農村信用社聯合社現有12個職能部門（辦公室、人力資源部、科技部（科技服務中心）、創新發展部、計劃財務部、業務指導部、監察稽核部、合規與風險管理部、電子銀行部、運營部、行政保衛部、培訓中心），并在7個設區市（除廈門、莆田外）設立了辦事處。
